Podczas wojny domowej w Palestynie (1947–1948) pomiędzy arabskim osiedlem Menaszijja a żydowskim osiedlem Newe Cedek przebiegała linia frontu. W kwietniu 1948 podczas operacji Chamec oddziały Hagany i Irgunu zajęły ten teren. W pobliżu tego budynku znajdował się jeden z ostatnich punktów arabskiego oporu w osiedlu Menaszijja. Podczas walk budynek został poważnie uszkodzony.
Gdy pod koniec lat 70. XX wieku władze miejskie przystąpiły do wyburzania zabudowy osiedla, byli członkowie Irgunu zaproponowali utworzenie w tym budynku nowego muzeum. Miał to być swoisty pomnik poświęcony żołnierzom Irgunu, którzy zginęli podczas walk. Inicjatorem powstania muzeum był major Dawid Elazar, który został jego pierwszym dyrektorem. Projekt przygotowali architekci Amnon Niw, Amnon Schwartz i Dan Schwartz, którzy zaproponowali połączenie pozostałości starego budynku z nową bryłą wykonaną z czarnego szkła i stali. W ten sposób uzyskano ostry kontrast pomiędzy starym i nowym. W 1983 nastąpiło uroczyste otwarcie muzeum, początkowo pod nazwą Muzeum Pamięci Wyzwolenia Jafy imienia Amichai Paglin. W uroczystości otwarcia uczestniczył Menachem Begin.