Trzecią komisję powołał Sykstus V w 1586 roku, a na jej czele stanął kard. Carafa, który wykorzystał swoje doświadczenie oraz dorobek zdobyty podczas prac poprzedniej komisji. Wykorzystano dobre rękopisy takie jak: Codex Hentenius, Amiatinus, Carafianus i Legionensis, jednak podstawą tekstualną było wydanie lowańskie z 1583 rokuEberhard Nestle & William Edie, Introduction to the Textual Criticism of the New Testament (New York 1901), s. 128.Szerzej o pracach tej komisji w: .
Wydanie thumb|Strona tytułowa. Po dwóch latach komisja przedstawiła papieżowi wyniki swoich prac – był to gruby foliał krytycznej edycji Wulgaty lowańskiej z 1583 roku z naniesionymi licznymi poprawkami tekstu. Gdyby Sykstus V zaakceptował tekst opracowany przez kard. Carafa, to wydany przezeń tekst byłby satysfakcjonujący pod względem krytycznymPatrz: . Jednak przygotowany tekst łaciński odbiegał od oczekiwań Sykstusa, który nie zaakceptował wyników prac tej komisji i postanowił opracować własną autoryzowaną edycję Wulgaty. Jednym ze źródeł, w oparciu o które dokonywał korekt, był Codex CarafianusCarlo Vercellone, Variae lectiones Vulgatae Latinae Bibliorum editionis, Romae 1860, s. XXX.. Zmienił układ rozdziałów, numerów wierszy i wariantów manuskryptu według własnego uznania.