W następnych latach trwał proces odbudowywania archikatedry i uzupełniania jej wyposażenia. Do świątyni przeniesiono późnogotycki pentaptyk z Lubina, który stał się ołtarzem głównym, stalle z katedry św. Wincentego, ocalałą część organów z Hali Stulecia (obecnie organy katedralne mają 151 głosów i są największe w Polsce) i obraz Matki Bożej (tzw. Madonna Sobieska) z Międzylesia. Od 1968 r. prowadzono drugi etap konserwacji architektury zewnętrznej, rekonstrukcję pokrycia dachów, kaplic, dokończenie konserwacji wnętrza. Przebudowano też szczyt zachodni, opierając się na poczynionych w toku prac konserwatorskich odkryciach, jak również odsłonięto zamurowane wschodnie okno dachowe. Przez wszystkie te lata obie wieże katedry zwieńczone były płaskimi, pozbawionymi hełmów dachami, częściowo porośniętymi darnią. Dopiero w 1985 roku kardynał Henryk Gulbinowicz zgodził się zaakceptować projekt nowych hełmów, zaproponowany przez architekta prof. Edmunda Małachowicza. Projekt ten uzyskał formalną akceptację służb miejskich trzy lata później i dopiero wówczas proboszcz katedry, ksiądz infułat Adam Drwięga mógł zlecić ich wykonanie. 14 sierpnia 1991 r. ustawiono oba siedemnastotonowe hełmy na wieżach katedry. Każdy z nich ma 37 m i od tej pory obie wieże mają po ok.