Po zakończeniu kariery piłkarskiej wstąpił do Zakonu „Rodziny Serca Miłości Ukrzyżowanej“ w Lublinie.
Występy w europejskich pucharach Sebastian Szałachowski zadebiutował w europejskich pucharach 11 sierpnia 2005 roku. Był to pierwszy mecz 2. rundy wstępnej Pucharu UEFA między Legią Warszawa a FC Zurich. Stołeczny klub uległ wtedy 0-1, a Szałachowski zagrał 24 minuty. W rewanżowym meczu 2. rundy wstępnej Pucharu UEFA Legia przegrała na wyjeździe z FC Zurich 1-4, zawodnik przebywał na boisku przez 79 minut i strzelił jedyną bramkę dla swojego klubu w tym spotkaniu. 26 lipca 2006 roku Szałachowski zagrał 69 minut w pierwszym meczu 2. rundy kwalifikacyjnej do Ligi Mistrzów przeciwko mistrzowi Islandii FH Hafnarfjordur. Legia wygrała na wyjeździe 1-0, a Szałachowski został ukarany podczas meczu żółtą kartką. W rewanżu w Warszawie zagrał 60 minut, a Legia pokonała FH Hafnarfjordur 2-0 i awansowała do 3 rundy kwalifikacyjnej Ligi Mistrzów. Tam zagrała z Szachtarem Donieck i przegrała w pierwszym meczu 0-1, a w rewanżu 2-3. W obu meczach Szałachowski zagrał w pełnym wymiarze czasowym – po 90 minut. W pierwszym meczu 1. rundy Pucharu UEFA sezonu 2006/2007 Szałachowski zagrał pierwszą połowę meczu z Austrią Wiedeń, a Legia zremisowała wtedy 1-1. W rewanżu zagrał od 67 minuty, a jego klub przegrał 0-1 i odpadł z Pucharu UEFA.