Wody Sieć rzeczna jest bardzo uboga i ogranicza się do niewielkie liczby okresowych rzek. Rzeki na Bonaire występują jedynie na obszarach wyżej położonych. Na Bonaire znajdują się jeziora z których największe to Goto, leżące w północnej części wyspy, do innych należą: Soroban i Pekel.
Gleby Bonaire należy do karaibskiej krainy glebowej. Powszechnymi glebami są czerwonobrązowe gleby, które powstały w wyniku wietrzenia wapiennego podłoża.
Flora i fauna Powszechną formacją roślinną wyspy są sawanny. Niewielkie opady i pora sucha sprawiają, że na wyspie nie ma tropikalnych lasów deszczowych, a jedynie niewielkie zbiorowiska lasów zwrotnikowych. Dominującym elementem krajobrazu roślinnego wyspy są różne gatunki roślin kserofitycznych, sucholubnych i powszechnie występujących kaktusów. W obrębie wybrzeża rosną miejscami zarośla namorzynowe. Wokół wyspy występują licznie rafy koralowe.
Świat zwierząt należy do antylskiej krainy neotropikalnej i jest ubogi. Brak dużych ssaków, liczne są gady, których przedstawicielami są iguany. Liczne są także różne gatunki owadów. Świat ptaków reprezentuje liczne ptactwo morskie, na lądzie dosyć dogodne warunki wśród jezior znajdują flamingi.
Bibliografia Encyklopedia Geograficzna Świata: Ameryka Północna. Wydawnictwo OPRES Kraków 1997