W 2002 rozpoczął nagrywanie dzieł wszystkich Heinricha Schütza dla holenderskiego wydawnictwa Brilliant Classics; projekt pierwszego światowego nagrania opera omnia niemieckiego kompozytora przewiduje ponad 35 płyt CD. W 2005 Messori nagrał trzecią część Clavier-Übung oraz Canonische Veraenderungen Johanna Sebastiana Bacha, a w 2008 Kunst der Fuge i Musikalisches Opfer.
Dyskografia (niepełna)
2000-2002 - Vincenzo Albrici: Concerti sacri Cappella Augustana, Matteo Messori - Mvsica Rediviva, Szwecja 2003 - 5 CD Heinrich Schütz Edition Vol. 1 Cappella Augustana, Matteo Messori - Brilliant Classics, Holandia 2004 - 1 SuperAudioCD Heinrich Schuetz: Symphoniae sacrae Cappella Augustana, Matteo Messori - Brilliant Classics, Holandia 2004 - 5 CD Heinrich Schuetz Edition Vol. 2 Cappella Augustana, Matteo Messori - Brilliant Classics, Holandia 2005 - 4 CD Heinrich Schuetz Edition Vol. 3 Cappella Augustana, Matteo Messori - Brilliant Classics, Holandia 2005-2008 - 2 SuperAudioCD Johann Sebastian Bach, Dritter Theil der Clavieruebung Matteo Messori - Brilliant Classics, Holandia 2008-2010 - 5 CD Heinrich Schütz Edition Vol.