10 września 1547, znanego jako „czarna sobota”, Szkoci ponieśli dotkliwą porażkę w bitwie pod Pinkie Cleugh. Maria de Guise, obawiając się o swoją córkę, wysłała ją na pewien czas do Inchmahome Priory i zwróciła się o pomoc do ambasadora Francji, D'Oysela. Nowy król francuski Henryk II zaproponował małżeństwo ze swoim nowo narodzonym synem, delfinem Franciszkiem, co miałoby doprowadzić do zjednoczenia Francji i Szkocji pod jednymi rządami. Wydawało się to Marii jedynym sensownym rozwiązaniem w trudnej sytuacji i wybawieniem z kłopotów.
W lutym 1548 znowu pojawiły się wojska angielskie, więc małą królową przeniesiono do zamku Dumbarton. Znowu spustoszono ogromne tereny, a wojska wroga osiągnęły strategicznie położone miasto Haddington. W czerwcu nadeszły wreszcie długo oczekiwane posiłki francuskie. 7 lipca podpisany został traktat małżeński pomiędzy stroną francuską i szkocką. Maria miała być wysłana do Francji, gdzie Henryk II oferował jej ochronę oraz wykształcenie i wychowanie. 7 sierpnia 1548 francuska flota popłynęła z powrotem do Francji, zabierając ze sobą pięcioletnią królową.