1. Zbadanie chiropterofauny w wybranych regionach Polski: Góry Świętokrzyskie (1950, 1962, 1964, 1965, 1994 1997, Pieniny (2000), Dolny Śląsk (Sudety) (1971) Tatry (1967, 1996), Babia Góra (2003), Bieszczady (2000). 2. Przygotowałem monograficzne opracowanie wybranych gatunków nietoperzy dla kolejnych wydań Polskiej czerwonej księgi zwierząt (1992, 2001). 3. Ważnym kierunkiem badań, które rozwinął w ostatnich latach są badania chiropterofauny Karpat (Wołoszyn, 2000, Wołoszyn i inni,1998, 2000, Wołoszyn, Bashta 2001). 4. Pionierskie badania dolicholi w wątrobie nietoperzy we współpracy z Instytutem Biochemii i Biofizyki PAN. Dolichole to lipidy prawdopodobnie istotną rolę w procesie hibernacji nietoperzy (Wołoszyn i inni, 1996, Jankowski, Dębicki, Wołoszyn, 1996). 5. Badania wybranych aspektów hibernacji u nietoperzy we współpracy Instytutem Biologii Środowiskowej UJ (Wołoszyn i inni, 1999, Koteja, Jurczyszyn, Wołoszyn, 2001) 6. Badania procesu transformacji metali w ekosystemach leśnych i agrocenozach we współpracy z chemikami z AGH i Politechniki Krakowskiej z wykorzystaniem włosów nietoperzy jako wskaźników. Został opracowany standard pobierania i przygotowania próbek włosów nietoperzy do analizy na zawartość metali (Wołoszyn i inni, 1999, 2000, 2003). 7.