W 1999 roku Fernando został piłkarzem Deportivo La Coruña. Zadebiutował w nim 10 września 1999 w wygranym 2:1 domowym meczu Realem Valladolid. W 2001 roku został wypożyczony do CA Osasuna, w której swój debiut zanotował 22 września 2001 w meczu z Realem Saragossa (1:0). Po roku gry w Osasunie ponownie został wypożyczony, tym razem do niemieckiego Hannoveru. W Bundeslidze rozegrał 2 mecze (debiut: 11 września 2002 w przegranym 1:3 meczu z Energie Cottbus). Z kolei w rundzie wiosennej sezonu 2002/2003 Fernando był wypożyczony do Córdoby. Latem 2003 zakończył karierę piłkarską.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1990/91 Real Madryt Castilla
Segunda División B ? ? 1991/92 Real Madryt Castilla
Segunda División ? ? 1992/93 Real Madryt Castilla
Segunda División ? ? 1993/94 Real Madryt Castilla
Segunda División 31 0 1994/95 Real Madryt Castilla
Segunda División 37 2 1995/96 Real Valladolid
Primera División 40 7 1996/97 Real Valladolid
Primera División 38 11 1997/98 Real Betis
Primera División 31 2 1998/99 Real Betis
Primera División 29 2 1999/00 Deportivo La Coruña
Primera División 19 0 2000/01 Deportivo La Coruña
Primera División 14 3 2001/02 CA Osasuna
Primera División 30 2 2002/03 Hannover 96
Bundesliga 2 0 2002/03 Córdoba CF