Baselios Cleemis Thottunkal, właśc. Isaac Thottunkal (ur. 15 czerwca 1959 w Mukkoor, w stanie Kerala) – indyjski duchowny katolicki obrządku malankarskiego, arcybiskup większy Trivandrum, zwierzchnik Kościoła Syromalankarskiego, kardynał.
Życiorys Święcenia kapłańskie otrzymał 11 czerwca 1986 i został inkardynowany do eparchii Battery. Po święceniach został wysłany na studia teologiczne do Bengaluru, które ukończył w 1988 z tytułem magistra. W 1989 został mianowany rektorem niższego seminarium w Sultan Bathery oraz proboszczem parafii katedralnej. W 1991 wyjechał do Rzymu i rozpoczął studia z teologii ekumenicznej na Angelicum, ukończone sześć lat później z tytułem doktora. Po powrocie do kraju został kanclerzem kurii i ojcem duchownym niższego seminarium.
W dniu 18 czerwca 2001 został mianowany biskupem pomocniczym archidiecezji Trivandrum ze stolicą tytularną Chaialum oraz papieskim wizytatorem dla wiernych obrządku malankarskiego w Europie i Ameryce Północnej. Sakry biskupiej udzielił mu 15 sierpnia 2001 abp Cyril Baselios Malancharuvil.
Dwa lata później, 11 września 2003, został mianowany biskupem Tiruvalla (intronizacja odbyła się 2 października tegoż roku).