Rozpoczął się wówczas proces islamizacji, stanowiący źródło napięć i antagonizmów między chrześcijanami, głównie Serbami, a muzułmanami, którymi stawali się Albańczycy.

Podczas wojny austriacko-tureckiej, pod koniec XVII wieku, wojska austriackie weszły na tereny zamieszkane przez Serbów, a Serbowie wzięli udział w walkach przeciwko Turkom. Jednak po klęsce w bitwie pod Kačanikiem w 1690 roku armia austriacka wycofała się z Serbii, a około 300 tysięcy Serbów schroniło się przed turecka zemstą w dzisiejszej Wojwodinie na terenie ówczesnej Austrii. Wykorzystując tę ucieczkę, Turcy osiedlili na opuszczonych terenach wyznających islam Albańczyków. Podczas pierwszej wojny bałkańskiej (1912–1913) Serbia wraz z Czarnogórą i Grecją okupowały Albanię. W 1913 roku, gdy odradzało się państwo albańskie, na skutek nacisków Rosji większość Kosowa włączono do Serbii, jego część zaś – Metochię – do Królestwa Czarnogóry. Na mocy decyzji Ententy, w 1918 roku całe Kosowo stało się częścią nowo utworzonego Królestwa Serbów, Chorwatów i Słoweńców, które od 1929 roku przyjęło nazwę Królestwa Jugosławii.