Badania konektomu thumb|Pierwszy kompletnie odtworzony konektom, należący do nicienia C. elegans, składający się z 302 neuronów i 5000 synaps. Techniki badań wykorzystywane przy rekonstruowaniu konektomu są zróżnicowane. Do niedawna najczęściej używano w tym celu metod mikroskopowych. Oprócz mikroskopii elektronowej stosowano również techniki barwienia immunofluorescencyjnego łączone z mikroskopią konfokalną. Jedną z najnowszych metod obrazowania neuronów stosowanych w badaniach na konektomem jest technika Brainbow. Nadzieje na rozwój konektomiki wiąże się obecnie z postępem w dziedzinie nieinwazyjnych metod obrazowania mózgu, wykorzystujących rezonans magnetyczny. Szczególnie dobre rezultaty uzyskiwane są za pomocą obrazowania dyfuzyjnego i pochodnych tej metody. W przypadku konektomu na poziomie makroskali uzupełnieniem wymienionych sposobów mapowania może być również wykorzystanie elektroencefalografii i magnetoencefalografii.