W sezonie 2002/2003 zespół przystąpił do nowej Major Indoor Soccer League, która powstała z połączenia z World Indoor Soccer League.
Tuż przed rozpoczęciem sezonu 2004–2005, klub przejął Raj Kalra właściciel Vancouver Ravens, drużyny Lacrosse’a występującej w National Lacrosse League. Zaledwie dwa miesiące po zakupie, okazało się, że Raj Kalra nie płaci wynagrodzenia piłkarzom oraz sztabowi szkoleniowemu, od momentu przejęcia Sockersów.
W związku z tym, 30 grudnia 2004 roku, władze ligi odebrały San Diego Sockers licencję, a zespół został ponownie rozwiązany.
Obecnie W 2009 roku dwóch lokalnych biznesmenów z San Diego, David Pike i Carl Savoia oraz były piłkarz i trener, Phil Salvagio postanowili przywrócić dawny blask San Diego Sockers. Właścicieli połączył sentyment San Diego Sockers. Zespół w sezonie 2009–2010 zdobył tytuł mistrzowski w lidze PASL-pro.
Lata w lidze North American Soccer League Outdoor (NASL) 1974–1984 North American Soccer League Indoor (NASL) 1980–1982, 1983–1984 Major Indoor Soccer League (MISL) 1982–1983, 1984–1992 Continental Indoor Soccer League (CISL) 1993–1996 World Indoor Soccer League (WISL) 2001 Major Indoor Soccer League (MISL) 2002–2004 Professional Arena Soccer League (PASL) od 2009