Ważną kwestią była polityka gospodarcza, na tle której dochodziło do spięć w łonie koalicji. Liberalni Unioniści popierali wolny handel, konserwatyści byli zwolennikami protekcjonalizmu. Balfour próbował lawirować między obydwiema frakcjami, ale bez rezultatu. W 1905 r. Partia Liberalno-Unionistyczna opuściła koalicję. W grudniu 1905 r. Balfour zrezygnował ze stanowiska premiera. Zastąpił go lider liberałów Henry Campbell-Bannerman.
W styczniu 1906 r. odbyły się wybory parlamentarne, które przyniosły lawinowe zwycięstwo Partii Liberalnej. Balfour przegrał wybory w swoim okręgu, ale powrócił do parlamentu jeszcze w tym samym roku, wygrywając wybory uzupełniające w okręgu City of London.
Dalsze lata Balfour pozostał liderem Partii Konserwatywnej, ale jako Lider Opozycji niewiele mógł zdziałać przeciwko dominującym w Izbie Gmin liberałom. Balfour próbował więc wykorzystać zdominowaną przez konserwatystów Izbę Lordów do odrzucania rządowych ustaw. Liberałowie odpowiedzieli na to projektem „Konstytucji Ludowej”, który stał się podstawą Parliament Act z 1911 r., znacznie ograniczającego kompetencje Izby Lordów. W następstwie tych wydarzeń Balfour w 1911 r. zrezygnował ze stanowiska lidera konserwatystów. Zastąpił go Andrew Bonar Law.