W 1103 roku powołane zostało arcybiskupstwo w Lund, które przejęło od Hamburga jurysdykcję nad Skandynawią. Spotkało się to z ostrym sprzeciwem arcybiskupów Hamburga-Bremy, którzy nawet zdołali odzyskać swoją dominację, jednak jedynie na krótko i formalnie. Nadal jednak kontynuowali ewangelizację Słowian zamieszkujących dzisiejsze Meklemburgię i Holsztyn.
W XII wieku księstwo mocno ucierpiało wskutek udziału biskupów w zmaganiach z Henrykiem Lwem, który m.in. zajął samą Bremę. Po upadku Henryka Lwa biskupi odbudowali swoje księstwo, z czasem jednak jego znaczenie (a także samych arcybiskupów) słabło: było to wynikiem częstych sporów o godność arcybiskupią, a także coraz większego usamodzielniania się od władzy biskupiej samego miasta Bremy (już od XII wieku). W 1224 roku arcybiskupstwo Hamburga zostało zniesione, godność arcybiskupia pozostała jednak przy stolicy biskupiej w Bremie.