W 1852 objął funkcję kierownika ds. kartografii w wydawnictwie Dietrich Reimer w Berlinie. W 1853 został przyjęty do Pruskiej Akademii Nauk. Od 1854 był profesorem geografii na uniwersytecie w Berlinie. Po śmierci Rittera w 1859 brany pod uwagę jako jeden z jego następców (obok Heinricha Bartha i Ferdinanda Müllera), otrzymał tytuł profesora nadzwyczajnego w dziedzinie geografii. W 1865 objął stanowisko kierownika wydziału topografii w Urzędzie Statystycznym, co znacznie ograniczyło jego dalszą pracę kartograficzną. W 1869 przyjął zlecenie sprawdzenia map przygotowywanych do pracy Napoleona III o kampaniach Cezara. W związku z tym zleceniem Kiepert został zaproszony na otwarcie Kanału Sueskiego w listopadzie 1869, jednak z przyczyn finansowych udał się tam pół roku później. Następnie Kiepert pojechał dalej do Palestyny, na tereny obecnej Transjordanii aż do niezbadanych obszarów Karii, gdzie musiał przerwać podroż z powodu wojny z Francją w 1871. W 1875 objął profesurę geografii na uniwersytecie w Berlinie. Do Azji Mniejszej powracał jeszcze dwukrotnie (w 1886 i w 1888).
Kiepert opracował m.in. jedne z pierwszych szczegółowych map etnicznych Niemiec, Austro-Węgier i Półwyspu Bałkańskiego.