W tym czasie istniała w jej okolicy nowa miejscowość - Lhotka u Hrdlořez. W 1495 r. wybuchł konflikt pomiędzy miastem i Vojislavem z Kunčí związany z ciągłymi sporami o własność tej wsi. Spór ostatecznie zakończył się wygraną miasta, ponieważ udowodniono, że ten teren uzyskano w sposób nieuczciwy dzięki wsparciu króla Władysława.
W 1506 r. wieś nosi nazwę Lhotka, dwanaście lat później Lhota oraz w 1523 r. Lhota Hrdlová. Otrzymała tę nazwę, ponieważ w pobliżu niej znajdowała się miejska szubienica, która została zburzona dopiero 18 sierpnia 1788 r.Jiří Malina, Královéhradecké obrázky 1. díl, Hradec Králové 2005, To samo pochodzenie ma też inna późniejsza nazwa - Lhota za šibenicí, która po raz pierwszy w dokumentach występuje w 1541 r.
Na lata 1546–1547 przypada bunt miast królewskich, które sprzeciwiły się udziałowi w tłumieniu wojny ze Związkiem Szmalkaldzkim w Niemczech. Wśród nich był również Hradec Králové. Bitwa pod Muhlbergiem w 1547 r. stała się przyczyną upadku ruchu powstańczego. Majątki miasta zostały skonfiskowane i wieś została odzyskana dopiero w 1549 r.