W okresie rządów Borysa Godunowa należał do opozycji antycarskiej. W 1605 roku znalazł się w otoczeniu młodego cara Fiodora II Godunowa. Szybko jednak, licząc na rychłe osłabienie pozycji swoich przeciwników politycznych i klęskę rodziny Godunowów w Moskwie, przeszedł na stronę Dymitra I. Gdy Samozwaniec zdobył władzę w Carstwie Rosyjskim, Szujski przeszedł do opozycji. Zaczął spiskować i ogłaszać dowody uzurpacji nowego monarchy. Został aresztowany i postawiony przed trybunałem złożonym z członków Dumy Bojarskiej. Skazano go na śmierć. Uniknął wykonania wyroku, ale stracił cały majątek i zmuszony został udać się na zesłanie.
Po kilku miesiącach został ułaskawiony przez Dymitra Samozwańca I i wrócił do Moskwy. Początkowo stwarzał pozory lojalności wobec cara, jednak od 1606 roku rozpoczął przygotowywania do kolejnego spisku antycarskiego. Wykorzystując antypolskie nastroje w Moskwie, budował wokół siebie opozycję. Wykorzystał zwłaszcza wrogość, jaką darzyli Dymitra mnisi prawosławni z Monasteru Czudowskiego, którzy uważali carskie reformy w państwie za początek katolicyzacji Rosji.