Podziemna ekspozycja przedstawia zarówno historię Krakowa, jak i związku tego miasta z Hanzą oraz ośrodkami handlowymi i kulturalnymi średniowiecznej Europy. Prezentowane zabytki (monety z XIV w., ceramika, ozdoby, średniowieczne narzędzia, 600-letnie przybory higieniczne) potwierdzają wielusetletnią tradycję wymiany handlowej prowadzonej na krakowskim Rynku, a zachowane fragmenty brukowanych dróg świadczą o średniowiecznych technologiach budowy dróg. Proces nieustannego podnoszenia się poziomu rynku wraz z rozwojem cywilizacji przez kilkaset lat prezentują natomiast tzw. świadki archeologiczne – zachowane profile ziemne. Życie codzienne Krakowa dokumentują zgromadzone przedmioty: gliniane figurki, skórzane buty, kości do gry, pochodzące ze Wschodu paciorki i medaliony, a także groty tatarskich strzał. Unikatem na skalę światową jest 693-kilogramowa bryła handlowego ołowiu (tzw. bochen).
Zwiedzający wędrują pod ziemią wokół Sukiennic szklanymi pochylniami i kładkami, zawieszonymi ponad zachowanymi średniowiecznymi traktami, z których najstarsze datuje się na XI wiek.