Ciałem przewodzącym Unii jest Międzynarodowa Konferencja Biskupów Starokatolickich (MKBS), w skład której wchodzą biskupi poszczególnych Kościołów członkowskich. Konferencji przewodniczy aktualnie arcybiskup Utrechtu ks. Joris Vercammen. Działanie konferencji reguluje Statut. Z mocy tego statutu biskupi Kościołów członkowskich Unii są obowiązani uzgadniać wszelkie posunięcia w sferze dogmatyki i dyscypliny kościelnej oraz informować się o praktyce duszpasterskiej. Biskupi Kościołów Unii konsekrują się nawzajem, natomiast konsekracja biskupa Kościoła spoza Unii wymaga zgody Konferencji. Konferencja zbiera się co najmniej raz do roku.
Unia Utrechcka organizuje Międzynarodowe Kongresy Starokatolików, które odbywają się co cztery lata. Kongresy są spotkaniami wiernych, nie mają prawa podejmowania uchwał w sprawach dogmatycznych, służą wyłącznie zacieśnieniu kontaktów między starokatolikami.