Śmierć Podczas II wojny światowej jako jeden z nielicznych członków zarządu PZPN pozostał w kraju. Odrzucił wszystkie propozycje współpracy z niemieckimi władzami okupacyjnymi i objęcia stanowiska sportfürhera w Generalnym Gubernatorstwie, wymawiając się brakiem czasu i złym stanem zdrowia. Jesienią 1944 uległ infekcji i doznał zapalenia opon mózgowych. Szczepionka z penicyliną, która mogłaby mu pomóc, była w warunkach wojennych nieosiągalna. Zmarł 11 października w wieku 48 lat. Został pochowany na Nowym Cmentarzu Podgórskim w Krakowie (kwatera PAS 1-1-7). Jego pogrzeb stał się antyhitlerowską manifestacją środowiska sportowego Krakowa.
Ordery i odznaczenia Srebrny Krzyż Zasługi (19 marca 1931) „za zasługi na polu rozwoju sportu”.
Upamiętnienie Od 1946 przez kilka lat PZPN organizował rozgrywki o Puchar im. Józefa Kałuży, w których brały udział reprezentacje najsilniejszych związków okręgowych.
Jego imię noszą obecnie ulice w Krakowie (powstała w 1965 w pobliżu Błoń, znajduje się przy niej stadion Cracovii), w Tenczynku oraz w Przemyślu (obok dawnego stadionu Polonii przy ul. Sportowej).