W czasie pogromu chrześcijan, PKWP pospieszyła na ratunek dotkniętemu wojną i prześladowaniem Kościołowi szczególnie w Iraku i w Syrii. Program PKWP „Niniwa Chrześcijan”-„Powrót do korzeni” (Plan Marshalla dla doliny Niniwy) uzyskał międzynarodowe wsparcie finansowe i umożliwił odbudowę domów prywatnych oraz infrastruktury Kościoła w Iraku. Dzięki tej inicjatywie blisko połowa wysiedlonych rodzin chrześcijańskich mogła powrócić do swoich mieszkań. Podobnie w Syrii, działalność charytatywna i ekumeniczna PKWP dzięki realizacji programów: „Mleko dla Aleppo”, „Tornister dla Aleppo”, „Świece dla pokoju w Syrii”, „Różaniec pokoju”, „Pocieszajcie mój lud” i „Peregrynacji ikony Matki Bożej Bolesnej, Pocieszycielki Syryjczyków” pomogła chrześcijanom przetrwać najgorsze i zachować nadzieję. PKWP prowadzi także stały program wsparcia chrześcijan w Izraelu i Autonomii Palestyńskiej „S.O.S. dla Ziemi Świętej”.