Podczas swej służby w koloniach admirał Aube nabrał przekonania, że największym zagrożeniem dla zamorskich posiadłości Francji jest brytyjska Royal Navy. Ponieważ przestarzała i niedofinansowana marynarka francuska nie mogła się z nią równać w bezpośrednim boju, należało, według admirała, stworzyć nową jakość we flocie. Miały nią być budowane w dużych ilościach lekkie okręty: torpedowce, kanonierki i krążowniki zdolne niszczyć brytyjską żeglugę handlową. Teorie te zdobyły poparcie grupy młodych oficerów floty (stąd nazwa Jeune École), widzących w nich szansę na rozwój własnych karier. 7 stycznia 1886 roku Théophile Aube, awansowany do stopnia wiceadmirała, został ministrem marynarki w trzecim rządzie Charles’a de Freycineta.
Jako minister, admirał Aube zmienił niemal wszystkich członków sztabu marynarki i szefów departamentów w ministerstwie. Realizując potrzeby awansu popierających go młodszych oficerów obniżył wiek emerytalny we flocie. Wstrzymał budowę wszystkich powstających pancerników, nakazując rozpoczęcie prac konstrukcyjnych nad promowanymi przez Młodą Szkołę krążownikami, kanonierkami i torpedowcami. Większość dużych okrętów Marine Nationale została przebazowana do Tulonu nad Morzem Śródziemnym, tworząc przeciwwagę dla rozbudowywanej marynarki wojennej Włoch.