W Pucharze Świata 2015/2016 w pierwszych tygodniach zajmował głównie miejsca w najlepszej dziesiątce, nie stając jednak na podium. Do połowy stycznia najlepszym indywidualnym wynikiem Krafta była 4. pozycja, zajęta trzykrotnie. Wystąpił na Mistrzostwach Świata w Lotach Narciarskich 2016, zdobywając brązowy medal zarówno w zawodach indywidualnych, jak i drużynowych. Po ich zakończeniu w Zakopanem odniósł jedyne w sezonie zwycięstwo w konkursie Pucharu Świata.
W lutym 2016 trzykrotnie stawał na podium indywidualnych zawodów Pucharu Świata. W Trondheim był drugi, w Vikersund również zajął 2. pozycję, zaś w Kuopio ukończył zawody na 3. miejscu. W pozostałych konkursach plasował się głównie w pierwszej dziesiątce. Gorsze wyniki osiągał w zawodach marcowych, najwyżej sklasyfikowanym będąc na 10. pozycji. Sezon ukończył na 6. miejscu w Pucharze Świata z 1006 punktami.
Sezon 2016/2017 thumb|Stefan Kraft w styczniu 2017 Dwukrotnie stał na podium zawodów Letniego Grand Prix 2016: był 3. w Courchevel i 2. w Hinterzarten. W pozostałych konkursach, w których wystąpił, zajmował miejsca w pierwszej dziesiątce. W klasyfikacji generalnej cyklu zajął 4. pozycję.