Zaopatrywanie kaprów w porcie gdańskim, przyprowadzanie tam pryzów, narażało miasto na represje ze strony wojujących państw. Ponadto wojna powodowała przestoje w żegludze, a co za tym idzie, straty. Stąd niechętny, a nawet wrogi stosunek Rady do kaprów. Mnożyły się skargi władz miejskich na forum Sejmiku Generalnego Prus Królewskich. Kapitanowie okrętów kaperskich również byli niezadowoleni załatwianiem spraw spornych. W rezultacie w roku 1565 powołano komisarzy mających zajmować się sprawami kaprów (burgabia Kleefeld i sekretarz królewski Krzysztof Konarski), przy czym rozprawy rozjemcze odbywały się bądź to w domu Kleefelda w Gdańsku, bądź w sądzie ławniczym w PuckuW. Odyniec, Dzieje Prus..., s. 97..
Komisja Morska W dwa lata później przeniesiono siedzibę kaprów do Pucka. Stało się tak na żądanie Gdańska i było dowodem dobrej woli i ustępliwości króla wobec Rady. Port w Pucku był niedogodny, bo płytki, ale przychylność miejscowej rady i starosty gwarantowały opiekę i pomoc. W marcu 1568 roku Zygmunt August powołał Komisję MorskąS. Bodniak: Komisja Morska..., s. 48..