W konsekwencji, po śmierci obu ostatnich Jagiellonów, polityka morska Rzeczypospolitej uległa zapomnieniu, a Gdańsk zyskał pełną, acz krótkowzroczną, niezależność.
Flota kaperska thumb|300px|Galeon „Smok” z końca XVI wieku Gdańsk w drugiej połowie XV wieku zdobył podstawy dobrobytu, które w wieku XVI i w pierwszej połowie XVII pozwoliły miastu osiągnąć szczyt bogactwa i stać się istotnym czynnikiem w sprawach politycznych, gospodarczych, a nawet kulturalnych Rzeczypospolitej. Miasto stawało się wyłącznym pośrednikiem polskiego handlu morskiego, ale pośrednikiem uciążliwym, co wywoływało rosnące niezadowolenie tak króla, jak i szlachty. Niemal taką samą niechęć do inicjatyw królewskich żywił Senat Gdańska, który obawiał się, że działalność floty królewskiej, bazującej z konieczności w Zatoce Gdańskiej, jedynie przysporzy miastu kłopotów.