Wyspa Sint Eustatius ma górzysty charakter, ale jej środkowa część jest nizinna. Najwyższy i największy masyw stanowi wulkan The Quill, który wznosi się na 602 m n.p.m. Jego południowe zbocza schodzą do morza, zaś północne przechodzą w równinny, nizinny obszar. Północna część wyspy jest usiana wzgórzami zwanymi Boven Hills.
Linia brzegowa jest umiarkowanie rozwinięta, występuje kilka niewielkich, łagodnych zatok. Wybrzeże jest wysokie i skaliste, miejscami klifowe. Tylko w środkowej części jest niskie, ale także skaliste, z niewielkimi plażami. W wielu miejscach zbocza wzgórz Boven i wulkanu schodzą bezpośrednio do morza.
Klimat Wyspa leży w strefie klimatu równikowego, który kształtują półncno-wschodnie pasaty i ciepłe prądy morskie. Temperatury są wysokie, ze średnią roczną 26 °C, bez większych wahań rocznych i dobowych. W okresie letnim wartości termiczne dochodzą do 30 °C. Duży wpływ na wartości termiczne ma nie tylko morze, ale i nasłonecznienie. Opady są wysokie, ponad 1 000 mm rocznie i nieco mniej po południowej stronie wulkanu. W okresie zimowym wartości opadowe są niższe. Wyspa leży na trasie tropikalnych huraganów.
300px|right|thumb|Wybrzeże
Wody Istnieje sieć niewielkich, krótkich rzek, mających górską postać. Brak jezior.