Kaplica została całkowicie odnowiona i odrestaurowana w latach 1999-2000 z darowizn i składek Katolickiej Konferencji Episkopatów Europy (COMECE), Konferencji Kościołów Europejskich (CEC), Towarzystwa Jezusowego, King Baudouin Foundation i wielu innych instytucji. W dniu 25 września 2001 r., arcybiskup kardynał Godfried Danneels dokonał oficjalnego otwarcia nowego kościoła. W ceremonii otwarcia kaplicy wziął udział prezydent Republiki Czeskiej Václav Havel. thumb|220px|Wnętrze
Architektura Podczas gdy neorenesansowa elewacja kaplicy i część zewnętrzna pozostały niezmienione, wnętrza zostały całkowicie odnowione i zaprojektowane przez 'Marionex Architekts' z Brukseli. Dzisiejszy budynek ma cztery kondygnacje: do kaplicy wchodzi się przez parter (foyer), który również wykorzystywany jest jako miejsce spotkań i przestrzeń dla różnego rodzaju wystaw. W piwnicy znajduje się krypta, zarezerwowana do modlitwy i kultu. Pozłacany krzyż jest dziełem belgijskiego rzeźbiarza Philippe'a Denisa. Główna sala Liturgiczna znajduje się na pierwszym piętrze i jest dostępna przez schody wewnętrzne i windy. Ponieważ Kościół utracił pełną oryginalną wysokość, wprowadzono nowe okna zaprojektowane przez wiedeńskiego artystę Thomasa Reinholda.