W kilkanaście dni później 23 grudnia 1648 do Kijowa wkroczył z wojskami Chmielnicki.
W toku dalszych walk Kijów kilkakrotnie przechodził jeszcze zmiany właściciela. Po zawartej z Kozakami Ugodzie zborowskiej w dniu 6 listopada 1649 roku Adam Kisiel ponownie objął we władanie zamek, gdzie prowadził rokowania z Bohdanem Chmielnickim przybyłym do miasta 7 grudnia. Po powrocie z sejmu wojewody Kisiela, na zamku od 13 marca 1650 roku ponownie prowadzone były rozmowy z Chmielnickim. Po wyjeździe wojewody z Kijowa we wrześniu 1650 roku, Adam Kisiel wjechał na zamek ponownie w grudniu 1651 roku po bitwie pod Beresteczkiem i Ugodzie w Białej Cerkwi i pozostał w nim do połowy 1652 roku
Po podpisaniu umowy w Perejasławiu w styczniu 1654 Ukraina z Kijowem wejść miała jako autonomiczna dzielnica w skład Rosji, w związku z czym w styczniu zamek został zajęty przez wojska moskiewskie. Wkrótce jednak stwierdzono, że dawna góra zamkowa nie spełnia już swojej roli strategicznej, ponieważ leży zbyt nisko w stosunku do Górnego Miasta, a poza tym pretensje zgłosił do niej metropolita prawosławny i zamku więcej już nie użytkowano. Zamiast zamku w związku z zagrożeniem tureckim zaczęto po 1670 roku umacniać inne miejsca wokół Kijowa.