Tam, gdzie oprogramowanie nie pozwala na to, niektóre urządzenia mogą być zrootowane, żeby pozbyć się niepotrzebnych aplikacji.
Aplikacje, które nie są wcześniej zainstalowane, zazwyczaj dostępne są na platformach zwanych sklepami z aplikacjami. Zaczęły pojawiać się w 2008 i są zwykle obsługiwane przez właścicieli mobilnego systemu operacyjnego, takiego jak Apple App Store, Google Play, Windows Phone Store i BlackBerry App World. Istnieją również niezależne sklepy takie jak Cydia, GetJar i F-Droid. Niektóre aplikacje są darmowe, a inne trzeba kupić. Zazwyczaj są one pobierane z danej platformy na urządzenie do tego przystosowane, ale czasami mogą być pobrane na laptopy lub komputery stacjonarne. W przypadku płatnych aplikacji zwykle 20–30% trafia do dystrybutora (takiego jak iTunes), a reszta idzie do producenta aplikacji. Tak więc ta sama aplikacja może różnić się ceną w zależności od platformy mobilnej.