thumb|Budynek Wyższego Seminarium Duchownego diecezji toruńskiej Seminarium duchowne – w Kościołach chrześcijańskich, w katolicyzmie, prawosławiu, a także protestantyzmie, instytucja przygotowująca przyszłych prezbiterów, poprzez wprowadzanie w duchowość chrześcijańską i prezbiteratu, studia teologiczne oraz kształcenie umiejętności duszpasterskich.
Seminaria katolickie thumb|Portal w byłym seminarium duchownym w Henrykowie Jako struktura formacyjna w Kościele seminarium duchowne pojawiło się dość późno, bo dopiero po odnowie soboru trydenckiego (1545–1563).
Nazwa seminarium wywodzi się od łacińskiego słowa seminarium, które oznacza „szkółkę młodych drzewek lub roślin”. (z łac. szkółka roślin, od semen – nasienie, seminis – narybek, latorośl).
Do czasu Soboru trydenckiego seminaria duchowne nie istniały. Kandydaci do kapłaństwa zgłaszali się do biskupa, deklarując chęć przyjęcia święceń i w niedługim czasie je otrzymywali. Czasem odbywali studia na uniwersytetach, z których większość posiadała wydziały teologiczne. Nie zamieszkiwali wspólnie.