W 2007 został pierwszym trenerem irańskiego klubu Persepolis FC, który grał w rozgrywkach Pucharze Zatoki Perskiej. W styczniu 2008 pojawił się na liście trenerów, którzy mogą poprowadzić reprezentację Iranu, jednak ostatecznie posadę tę otrzymał Ali Daei. W sezonie 2007/2008 wywalczył z Persepolis tytuł mistrzowski, dzięki czemu został uznany przez Football Iran News & Events oraz Związek Piłki Nożnej Islamskiej Republiki Iranu trenerem roku. Tydzień po tym sukcesie, nie zdecydował się przedłużyć kontaktu i opuścił klub. 3 lipca 2008 ponownie porozumiał się z Persepolis i został pierwszym trenerem, jednak klub opuścił już 19 listopada 2008. W 2009 objął reprezentację Iranu. W 2011, podczas Pucharu Azji, jego zespół wywalczył komplet zwycięstw w fazie grupowej, jednak w ćwierćfinale przegrał po dogrywce z Koreą Południową.
Po tych rozgrywkach Afszin Ghotbi przyjął posadę trenera japońskiego klubu Shimizu S-Pulse.
W sierpniu 2015 został asystentem Patricka Kluiverta w reprezentacji Curaçao
24 maja 2016 został ogłoszony trenerem tajskiego klubu Buriram United, jednak już po 3 miesiącach, 21 sierpnia 2016, jego kontrakt został rozwiązany.
Sukcesy Klubowe Persepolis Mistrz Iranu: 2007/2008 Shimizu S-Pulse Finalista Pucharu Ligi Japońskiej: 2012 Shijiazhuang Ever Bright Wicemistrz China League One: 2019