Jako jego pierwszą wojenną siedzibę, została ustanowiona Lipawa, po drodze zatrzymując się w portach w Świnoujściu, oraz w Kłajpedzie.
W maju powstał w Eckernförde sztab dowódcy marynarki „D”, który miał dowodzić w rejonie Zatoki Fińskiej aż do Leningradu. W lipcu, gdy ofensywa Wehrmachtu była już w toku, zostały powołane stanowiska komendantów morskich wszystkich portów bałtyckiego wybrzeża Związku Radzieckiego, zarówno tych już zajętych, jak i tych, których zajęcie było przewidziane w najbliższej przyszłości. Wtedy to m.in. powołano komendanta morskiego „R”, który był przewidziany na stanowisko dowódcy morskiego Leningradu, a właściwie Petersburga, gdyż taką nadano mu nazwę. Pełna niemiecka nazwa urzędu to Seekommandant von St. Petersburg.
W maju niemieckie transportowce zaczęły przewozić żołnierzy do Finlandii i północnej Norwegii. Do połowy czerwca 32 tys. żołnierzy znalazło się na ziemi fińskiej, a 11 tys.