Jako że świątynia miała stanąć na podmokłym terenie, prace budowlane rozpoczęto od wbicia 224 trzynastometrowych pali pod fundamenty. Podczas mszy na krakowskich Błoniach 23 czerwca 1983 Jan Paweł II poświęcił kamień węgielny pod budowę kościoła. We wrześniu 1984 ukończono budowę żelaznej konstrukcji dachu i rozpoczęto krycie jej blachą miedzianą. Zapoczątkowano również budowę wieży, na której w 1985 zawieszone zostały trzy dzwony. Wieża ma 40 metrów wysokości. Wieńczy ją dziesięciometrowy krzyż.
Konsekracji kościoła dokonał 7 czerwca 1987 roku kardynał Franciszek Macharski.
Świątynia ma nowoczesną, strzelistą bryłę. Jej wnętrze nie jest podzielone na nawy – jest jedną halą. Pierwsza kondygnacja to Kaplica Niepokalanego Serca Maryi. Nad nią znajduje się właściwy kościół.
Organy Organy wybudował Albert Reiser w 1961 roku jako opus 305. Ich dyspozycję zaprojektował dr. Hans Böhringer ze Stuttgartu, natomiast głosy językowe wykonała firma Giesecke z Getyngi. Instrument posiada mechaniczną trakturę gry.
Pierwotnie organy znajdowały się w kościele Świętych Apostołów Piotra i Pawła, w niemieckiej miejscowości Heilbronn. Krakowska parafia Miłosierdzia Bożego odkupiła je w 1994 roku. Ich montaż na nowym miejscu był prowadzony przez Andrzeja Guziaka.