W 1903 roku podczas Szóstego Kongresu Syjonistycznego doszło do konfrontacji między Herzlem i jego zwolennikami a syjonistami odrzucającymi brytyjską propozycję osiedlenia się żydowskich kolonizatorów w Ugandzie. Herzl widział, że wszystkie dotychczasowe starania zakończyły się niepowodzeniem, a jedyną sensowną propozycją pozostającą na stole negocjacji był brytyjski plan ugandyjski. Z punktu widzenia kwestii żydowskiej sytuacja wymagała poszukiwania pilnego rozwiązania, gdyż w carskiej Rosji nasilały się pogromy, i należało znaleźć miejsce ucieczki dla tysięcy rosyjskich Żydów. Herzl podkreślał przy tym, że plan ugandyjski ma charakter tymczasowego rozwiązania, a końcowym celem syjonizmu nadal pozostaje Palestyna. Weizman początkowo popierał Herzla, jednak w trakcie kongresu zmienił zdanie i stał się jednym z jego najgorliwszych przeciwników. Plan ugandyjski tym samym stał się przyczyną wielkiego wewnętrznego kryzysu w ruchu syjonistycznym. Po tych burzliwych dyskusjach Weizman stanął na czele komisji nadzorującej wysłanie delegacji rozpoznawczej do Afryki Wschodniej, celem zbadania możliwości kolonizacji.