W 1911 otrzymał godność archimandryty oraz tytuł naukowy docenta, pozostając pracownikiem Kijowskiej Akademii Duchownej. W 1912 został profesorem nadzwyczajnym. Równocześnie władze kościelne zdecydowały o przeniesieniu go do Moskiewskiej Akademii Duchownej w charakterze jej inspektora. Jednak już w roku następnym podjęta została decyzja o wyświęceniu go na biskupa czystopolskiego, wikariusza eparchii kazańskiej, co oznaczało również objęcie stanowiska rektora Kazańskiej Akademii Duchownejks. H. Wenziuk, ks. O. Kowenko, Żytie..., s.7.
Biskup Biskup Anatol kontynuował swoją działalność duszpasterską także po rewolucji październikowej. Po ogłoszeniu dekretu o rozdziale państwa i Kościoła, a następnie po likwidacji wszystkich wyższych uczelni teologicznych przez półtora roku koordynował nielegalną pracę Kazańskiej Akademii Duchownej. Po wykryciu tego faktu został 26 marca 1921 aresztowany i skazany na rok pozbawienia wolności. Po opuszczeniu więzienia udał się do Samary, by zgodnie z decyzją patriarchy Tichona objąć zarząd eparchii samarskiej i stawropolskiej. Jednak już 24 lutego 1923 został aresztowany ponownie i pozostawał w więzieniu do sierpnia tego samego rokuks. H. Wenziuk, ks. O.