W odcinku „The Man From Tallahassee” Alpert okazuje się być jednym z Innych. Ben Linus nakazuje mu „sprowadzić człowieka z Tallahassee”, z którym ma się zobaczyć John Locke. Jest obecny przy spotkaniu Locke’a z uwięzionym mężczyzną, który okazuje się być ojcem Locke’a – Anthonym Cooperem. Po tym jak Ben nakazuje Locke’owi zabić własnego ojca, Richard tłumaczy mu, iż Ben wie, że John tego nie wykona, chce go jedynie upokorzyć na oczach Innych
Alpert twierdzi, że Ben zazdrości Locke’owi uzdrowienia i denerwują go jego pytania dotyczące przywództwa Bena nad Innymi. Mówi, że Ben traci czas zajmując się badaniem płodności u kobiet przebywających na wyspie, podczas gdy Locke jest przykładem innego, ważniejszego oddziaływania wyspy na ludzi.
Richard sugeruje Johnowi, że Sawyer może zabić jego ojca. Twierdzi, że James ma ku temu powody. Na dowód tego podsuwa Locke’owi akta dotyczące życia Sawyera, z których wynika, że Cooper przyczynił się do śmierci rodziców Jamesa Forda.
W odcinku „The Man Behind the Curtain” wychodzi na jaw, iż Richard jest jednym z pierwotnych mieszkańców wyspy, żyjących tam jeszcze przed przybyciem pracowników Inicjatywy DHARMA.