W latach 1935–1936 zbór został podzielony i cześć jego członków przeszła do organizowanego przez Czesława Kasprzykowskiego Stowarzyszenia Badaczy Pisma Świętego.

W czasie okupacji niemieckiej, w latach 1939–1944, nabożeństwa epifaniczne odbywały się nielegalnie, bez zgody okupanta, w domu państwa Marii i Adama Złotkiewiczów. Od 1944 roku lubelscy epifaniści doświadczali różnorakich prześladowań religijnych z rąk leśnych ugrupowań zbrojnych kierujących się fanatyzmem religijnym. Dewastowano miejsca zebrań przez niszczenie ich wyposażenia, dokonywano napadów na domy epifanistów oraz pobić i postrzeleń wiernych. Prześladowania skończyły się w roku 1947.

Po wyzwoleniu Lublina 22 lipca 1944 r. nabożeństwa odbywały się w domu państwa Złotkiewiczów oraz Anieli Flis. W kaplicy przy ul. Zamojskiej, lubelscy epifaniści zgromadzają się od 1947 r. W czasie Polski Ludowej wielu lubelskich epifanistów było sądzonych z powodu odmowy służby wojskowej z bronią w ręku. Niektórzy z nich trafili do więzienia.