Jednocześnie sztabowcy floty opracowywali metody użycia bojowego miniaturowych okrętów podwodnych i ich transportu na miejsce akcji. Trzymając się wciąż koncepcji wodowania z jednostek nawodnych, zamówiono i zbudowano cztery dedykowane okręty. Aby nie wliczać ich tonażu do limitów określonych traktatem waszyngtońskim, oficjalnie zadeklarowano je jako transportowce wodnosamolotów. Były to: „Chitose”, (obydwa przebudowane później na lotniskowce), „Mizuho” i „Nisshin”. Poza zabieraniem wodnosamolotów ich konstrukcja pozwalała na łatwą przebudowę na transportowce-bazy dla 12 miniaturowych okrętów podwodnych. Konwersji takiej w przypadku dwóch pierwszych z wymienionych jednostek dokonano w 1941 roku. Podczas prób ich wodowania ze specjalnej pochylni na rufie uzyskano minimalny czas 17 minut dla kompletu 12 jednostek. Wobec coraz poważniej uświadamianego zagrożenia ze strony nieprzyjacielskiego lotnictwa, rozpoczęto również próby z transportowaniem miniaturowych okrętów za pomocą łodzi latających (zarzucone wkrótce ze względów technicznych) oraz okrętów podwodnych. Marynarka cesarska dysponowała kilkoma typami dużych krążowników podwodnych, z których do konwersji wybrano pięć jednostek typu C1. Były to: I-16, I-18, I-20, I-22 oraz I-24.