Rząd Szamira brał udział w 1991 w rozmowach pokojowych w Madrycie i zorganizował akcję sprowadzenia do Izraela tysięcy Żydów z Etiopii (Operacja Salomon). Gabinet Szamira postanowił także nie odpowiadać na niesprowokowane użycie przez reżim Saddama Husajna pocisków Scud przeciwko Izraelowi podczas pierwszej wojny w Zatoce Perskiej.

Porażka wyborcza i odejście Po wyborach w 1992 przestał być premierem (został nim Icchak Rabin z Partii Pracy), a w marcu 1993 zrezygnował z partyjnego przywództwa. W 1996 zrezygnował z członkostwa w Knesecie. Przez pewien czas był krytykiem Beniamina Netanjahu, jako jego zdaniem niezdecydowanego co do kierunku polityki względem Arabów. Później zniknął z izraelskiego życia publicznego.

W 2004 jego rodzina zażądała utworzenia specjalnego funduszu państwowego na jego hospitalizację. Urzędnicy państwowi orzekli jednak, iż na ten cel powinna starczyć rządowa emerytura wypłacana Szamirowi.

Śmierć Szamir zmarł 30 czerwca 2012 w domu opieki w Tel Awiwie, gdzie spędził kilka ostatnich lat. Przyczyną śmierci była choroba Alzheimera, na którą cierpiał od połowy lat 90. Pogrzeb państwowy odbył się 2 lipca 2012 na Wzgórzu Herzla w Jerozolimie.