Na skutek wadliwej konstrukcji, w latach 1691–1692 sklepienie kaplicy trzykrotnie się zapadło. Zarząd zakonnej prowincji wyznaczył w 1722 roku o. Cherubina Watsona (zm. 1726) do prowadzenia odbudowy kaplicy. Prace rozpoczęto w 1723 od wyburzenia starych murów i przygotowania placu budowy. Właściwą budowę rozpoczęto rok później. Do 1724 roku odpowiadał za nią gwardian bydgoski o. Wacław Kołocki, a kiedy został przeniesiony na gwardiana odzyskanego klasztoru w Toruniu, prace ukończył w 1728 roku o. Jakub Tyszka.
Koszty odbudowy domu loretańskiego zamknęły się w kwocie 6 tys. złotych. Odbudowana kaplica, posadowiona na solidnym fundamencie, została zbudowana na planie prostokąta, z małym Domkiem Loretańskim. Dom zdobiły narożne wieżyczki, wieńczące jakby kapliczki, pokryte tynkiem. Wewnątrz domu położono posadzkę ceglaną, natomiast na zewnątrz kaplicę przyozdobiono, powyżej sklepienia, marmurem, zapobiegając w ten sposób zniszczeniu sklepienia przez niekorzystne warunki atmosferyczne. Wieżyczki i dwie kopuły pokryto od wewnątrz polichromią składającą się z dwóch obrazów, a w krużganku zamontowano okna. Dodatkowo w 1765 roku ozdobiono złotem i srebrem znajdujący się tam obraz Najświętszej Maryi Panny.