Spowolniło to proces pokojowy oraz wstrzymało przekazywanie Palestyńczykom miasta Hebron, które jako jedyne po Oslo miało być przekazane Autonomii Palestyńskiej. Na początku września 1996 Netanjahu spotkał się z Jasirem Arafatem na przejściu granicznym Erez, nie osiągnięto jednak porozumienia w spornych kwestiach.

W dniu 24 września 1996 Netanjahu i burmistrz Jerozolimy Ehud Olmert zdecydowali o otwarciu dla zwiedzających tunelu pod Zachodnim Murem, którego wyjście znajdowało się w Dzielnicy Muzułmańskiej. Wywołało to poważne arabskie rozruchy w Strefie Gazy i na Zachodnim Brzegu.

Niemal natychmiast po wybuchu zamieszek, rozpoczęła się mediacja pokojowa prezydenta Stanów Zjednoczonych Billa Clintona z udziałem króla Jordanii Husajna I. Mediacja utorowała drogę do podpisania 17 stycznia 1997 porozumienia w sprawie Hebronu. Netanjahu zobowiązał się do wycofania z miasta izraelskich wojsk, z wyjątkiem obszaru zamieszkałego przez żydowskich osadników. Wycofanie wojsk nastąpiło w tym samym miesiącu.