Fabuła Fabuła gry The Minish Cap skupia się przede wszystkim wokół historii Vaatiego i legendy Czterech Mieczy (był to ważny element poprzednich części: i . Na początku gry jest retrospekcja opowiadającą o tym, jak wiele lat temu Picori (zwane również Minishami) przekazały młodemu chłopcu w zielonym stroju miecz i złote światło (ang. golden light), dzięki którym pokonał ciemność. Są trzy rodzaje Minishów: miastowe, leśne i górskie.
Właściwa gra zaczyna się w momencie, gdy Król Hyrule prosi Linka o pomoc w odczarowaniu , która została przemieniona w kamień przez czarnoksiężnika Vaatiego, zaraz po tym, jak mag wygrał zawody podczas Festiwalu Picori. Link został wybrany do tej misji, ponieważ tylko moc Picori może uratować Zeldę, a Minishów mogą widzieć jedynie dzieci. Podczas swojej wędrówki chłopak uratował Ezlo, tajemniczą zieloną czapkę z ptasiopodobną głową, który przyłączył się do niego i w razie potrzeby, za pomocą specjalnego portalu, zmieniał rozmiar Linka do rozmiarów Picori. Później dowiadujemy się, że zarówno Ezlo, jak i Vaati, byli Minishami (Ezlo był mistrzem Vaatiego). Jednak pewnego razu Vaati został zmieniony przez zło i nienawiść ludzi. Wziął magiczną czapkę (bez pozwolenia swojego mistrza) stworzoną przez Ezlo dla ludzi. Spełniała ona każde życzenie tego, kto ją nosił.