Konwent bydgoski otrzymał jako jedyny ze wszystkich klasztorów bernardyńskich prawo kwesty w Prusach, a kwestarze docierali nawet do Gdańska. W 1520 r. bernardyni zostali zwolnieni przez króla Zygmunta Starego z płacenia podatku czopowego. Dekrety królów: Stefana Batorego i Zygmunta III nadawały bezpłatnie konwentowi sól z żupy bydgoskiej, która sąsiadowała od wschodu z klasztorem. Konwent otrzymywał również ofiary pieniężne przy pogrzebach dobrodziejów, szczególnie członków bractw, istniejących przy kościele.
Uposażenie klasztoru w I połowie XVII w. musiało być znaczne, skoro wydatkowano wówczas spore sumy na zakup kosztownych naczyń i paramentów liturgicznych (kielichy srebrne, pozłacane, humerały naszywane perłami i drogimi kamieniami, ornaty bądź kapy ze srebrnej lamy). Finansowano wtedy także poważne inwestycje gospodarcze, jak wznoszenie murowanych zabudowań w podwórzu klasztornym, browaru itp. Prowincjał Krzysztof Scipio Campo zabronił nawet pobierania dochodów z tartaku, który zapisał w 1574 r. starosta bydgoski Jan Kościelecki oraz zakazał odprawiania mszy w kaplicy Rychnowskich przy kościele parafialnym, za które konwent otrzymywał rocznie 15 złotych polskich.