spotkał się nawet z zarzutem, że wzniesione przezeń budynki nie licują z ubóstwem zakonnym.
Zbudowane z muru pruskiego zabudowania uległy spaleniu w 1545 r. w pożarze powstałym od uderzenia pioruna. Odbudowa murowanych obiektów, podjęta ok. 1550 r. chwilowo została wstrzymana w 1552 r. zakazem króla Zygmunta Augusta. Zachodziła bowiem obawa, że wznoszony murowany kościół może stanowić przeszkodę w systemie obronnym zamku bydgoskiego. Po interwencji i wyjaśnieniu starostów bydgoskich: Janusza i Andrzeja Kościeleckich zakaz królewski został cofnięty. Budowę kościoła ukończono w 1557 r. przy wielkim wkładzie pracy braci Seweryna i Antoniego podczas gwardianatów Hieronima z Łękna oraz Gabriela Luśni z Bydgoszczy.
Kościół
Jednonawowy kościół, z nieco węższym i wydłużonym prezbiterium, zbudowano z cegły w stylu późnego gotyku. Otrzymał on wezwanie Świętej Trójcy. Wyposażenie kościoła ograniczyć się musiało do rzeczy najniezbędniejszych lub tymczasowych. Z upływem czasu nabierało ono właściwego wystroju. Ołtarz św. Krzyża w 1559 r. konsekrował sufragan gnieźnieński Sebastian Żydowski. Gwardian Marcin z Bieganowa przed 1588 r. zadbał o pomalowanie chóru zakonnego oraz wykonanie stall, prawdopodobnie przez brata Stanisława Przemowę. Cały kościół został pomalowany w 1613 r. Zaopatrzenie zakrystii wedle wizytacji z 1590 r.