Na początku stycznia 1649 do Moskwy przybył patriarcha jerozolimski Paisjusz. Archimandryta Nikon był jednym z dostojników Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego, którzy podejmowali go w stolicy Wielkiego Księstwa Moskiewskiego. W liście do cara Paisjusz wysoko oceniał osobę Nikona, pisząc o nim jako o człowieku pobożnym i wiernym wobec swojego władcy. Spotkania z hierarchą jerozolimskim były dla archimandryty tym ważniejsze, że już wcześniej wykazywał on zainteresowanie prawosławiem tradycji greckiej. Przyjazd Paisjusza skłonił również grupę Rtiszczewa, Wonifatiewa i Nieronowa do zintensyfikowania agitacji na rzecz przeprowadzenia gruntownej reformy wewnętrznej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Aleksy I poparł te działania; wobec oporu wyższej hierarchii cerkiewnej na czele z patriarchą moskiewskim Józefem podjął ku temu kroki, obsadzając wakujące katedry biskupie duchownymi związanymi z grupą zwolenników reform. W tych okolicznościach doszło do chirotonii biskupiej archimandryty Nikona, który 9 marca 1649, przy udziale patriarchów jerozolimskiego Paisjusza i moskiewskiego Józefa, został wyświęcony na metropolitę nowogrodzkiego, drugiego po patriarsze w hierarchii biskupiej Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.
Metropolita nowogrodzki