Przez Szopienice z zachodu na wschód przepływa Rawa, która jest położona w dorzeczu Wisły. W zlewni Rawy położona jest większa część Szopienic, natomiast rejon stawów przy granicy z Sosnowcem jest w strefie bezodpływowej zlewni Brynicy. Tam też znajduje się kompleks stawów Szopienice-Borki, do którego należą m.in. Morawa oraz Hubertus III, II i IV – cztery największe akweny w całych Katowicach. Obszar ten obejmuje zespół przyrodniczo-krajobrazowy „Szopienice-Borki” (stanowi on ostoję dla roślin i zwierząt wodnych, a także ważek).

Znaczna część obszaru Szopienic jest silnie przekształcona przez człowieka, zwłaszcza w rejonie dawnej Huty Metali Nieżelaznych „Szopienice”, gdzie występuje przeważnie roślinność ruderalna. W Szopienicach znajduje się szereg parków i obszarów urządzonych, w tym park Antona Uthemanna, park Olimpijczyków i skwer Janusza Sidły.