Kolejnym ważnym punktem działalności Włodarskiego była tajna szkoła przy ulicy Batorego 66. Założył ją wspólnie z harcmistrzynią Antoniną Chrzczonowicz. Miejsce to było ważnym punktem rozwojowym dla dzieci, realizowano tam program szkoły podstawowej. Zajęcia były regularne, Włodarski prowadził lekcje świetlicowe oraz uczył rysunku. Rozwijano w dzieciach również poczucie patriotyzmu i edukację obywatelską. Placówka ta nie była jedynym miejscem, w którym udzielał się naukowo Włodarski, brał udział również w tajnych kompletach złożonych z harcerzy.
Aresztowanie i śmierć 30 grudnia 1941 roku znaleziono przy Włodarskim sfałszowane recepty oraz konspiracyjną prasę. Został aresztowany, poddany śledztwu i torturom. Przebywał najpierw w więzieniu przy ulicy Kopernika w Łodzi, przesłuchania odbywały się przy ul. Anstadta, w siedzibie Gestapo. Zimą został przetransportowany do więzienia na Radogoszczu, potem przebywał w więzieniu przy ul. Sterlinga 16. 17 listopada 1942 roku zmarł w wyniku tortur. Pośmiertnie odznaczony Krzyżem Walecznych.
Twórczość Janusz Włodarski pozostawił po sobie dziedzictwo plastyczne i literackie. Zachowały się jego dzieła, ok. 180 prac wykonanych na kartonie oraz kilka rzeźb. Ocalało również ok.