W 1961 roku po fuzji Sokola TJ Dimitrov, pojawia się po raz pierwszy nazwa Slovan, choć obecna nazwa klubu została ustanowiona dopiero w 1990 roku. W 1968 roku, kiedy trenerem został Michal Vičan, klub zdobył Puchar Czechosłowacji, zespół awansował wówczas również do Pucharu Zdobywców Pucharów. Wygrał dwa pierwsze mecze, następnie pokonał w ćwierćfinale AC Torino i w półfinale szkocki AFC Dunfermline. 21 maja 1969 w Bazylei, Slovan odniósł swój największy sukces w historii. Zwyciężył on w finale Pucharu Zdobywców Pucharów FC Barcelonę 3:2 – po bramkach Cvetlera, Hrivnaka i Jana Capkovicia; dla Barcy trafiali Zaldua i Carlos Rexach. Następnie, po piętnastoletniej przerwie, w 1970 roku Slovan ponownie zdobył mistrzostwo Czechosłowacji. Po Vičanie trenerem został Jozef Vengloš, który zdobył z klubem kolejne tytuły mistrzowskie – w latach 1974 i 1975.