Miasta zamknięte Resort zarządzał kilkunastoma miastami zamkniętymi, w których ulokowano zaplecze badawczo-produkcyjne przemysłu atomowego:
Miasta aktualnie o statusie zamkniętym Żeleznogorsk, Krasnojarsk-26, Krasnojarski Kraj (Железногорск, Красноярск-26, Красноярский край) Zariecznyj, Penza-19, obwód penzeński (Заречный, Пенза-19, Пензенская область) Zielenogorsk, Krasnojarsk-45, Zaoziornyj-13, Krasnojarski Kraj (Зеленогорск, Красноярск-45, Заозёрный-13, Красноярский край) Lesnoj, Swierdłowsk-45, obwód swierdłowski (Лесной, Свердловск-45, Свердловская область) Nowouralsk, Swierdłowsk-44, obwód swierdłowski (Новоуральск, Свердловск-44, Свердловская область) Oziorsk, Czelabińsk-65, Czelabińsk-40, obwód czelabiński (Озёрск, Челябинск-65, Челябинск-40, Челябинская область) Sarow, Kremlew, Arzamas-16, Arzamas-60, Arzamas-75, Moskwa-300, obwód niżnonowogrodzki (Саров, Кремлёв, Арзамас-16, Арзамас-60, Арзамас-75, Москва-300, Нижегородская область) Siewiersk, Pocztowy, Tomsk-7, obwód tomski (Северск, Почтовый, Томск-7, Томская область) Snieżynsk, Czelabińsk-70, obwód czelabiński (Снежинск, Челябинск-70, Челябинская область) Triochgornyj, Złatoust-36, obwód czelabiński (Трехгорный, Златоуст-36, Челябинская область)